A cette période de croissance et de prospérité succède la crise des XIVe et XVe siècles : l'abbaye recentre son activité sur les terres situées dans un rayon de quelques kilomètres autour du monastère. Il faut attendre la seconde moitié du XVe siècle pour voir les moines de Champagne reprendre en main l'ensemble de leur domaine.
Au XVIe siècle, l'abbaye tombe en commende et n'est plus administrée par un abbé élu par la communauté. L'abbé commendataire, nommé par le roi, est un haut personnage qui ne réside pas au monastère mais perçoit une part importante de ses revenus. Lancelot de Vassé devient le premier abbé commendataire de Champagne en 1553. L'abbaye connaît alors un certain déclin que n'arrête pas la réforme imposée à Champagne au XVIIe siècle par Rancé, futur abbé de la Trappe.
La révolution Française
A la veille de la Révolution, l'abbaye ne compte plus que huit religieux et certains de ses bâtiments menacent ruines. La Révolution abolit le monastère qui est revendu avec toutes ses terres comme biens nationaux en 1791. Les bâtiments conventuels, que leur état rend dangereux, sont abattus et la pierre revendue. Seuls le cellier et les cuisines de l'abbaye sont alors épargnés et transformés en exploitation agricole.